FIFA 2006 从你第一次开始的时候,就设计了许多的有趣的比赛方式,最初,你可以选择一些不同的方式挑战,有友谊赛和职业赛,而在队伍的选择上也可以选择相同的队伍,这完全取决于自己的兴趣。新加入的比赛方式是挑战和竞争,挑战模式这项内容是替换FIFA 2005里的经营模式,本次挑战模式主要有三种表现方法:1、要求玩家在尽可能短的时间内打破一项得分记录;2、混乱挑战赛要求玩家在规定时间内赢得冠军头衔,3、自定义挑战赛是在自己规定时间来打破(不断超越自我,很有挑战性)。而竞争方式是让玩家在不同的联赛玩上一个赛季,然后进军某一项重大赛事,例如:联合会杯,南美解放者杯,和欧洲冠军杯,还有一些其他的自定义联赛。
FIFA 2006得到了国际足联的完全授权许可,玩家可以选择的联赛数量非常众多,比如:德国足球甲级联赛,西班牙足球甲级联赛,英格兰足球超级联赛和意大利足球甲级联赛,等世界上各大顶级联赛。而在Nokia S40系列手机里,受限其机能,在内容上有所删减。在游戏的收尾阶段,EA最终把捷克共和国列入比赛队伍(在FIFA 2005中没有加入的队伍)不过,荷兰仍然没有出现在32支足球队伍的列表中,这可能是由于荷兰队在欧洲杯上不尽如人意的表现所致,但对于玩家来说,这不得不是一种遗憾。在全部队伍中的有着详尽的球员花名册,玩家可以自己选择和谁进行比赛,然后在比赛的开始设置上场名单,而且还可以选择跟任何一家电视台签署转播协议。